个人独资企业作为一种重要的市场主体形式，其税收征管遵循特定的法律框架。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关规定，个人独资企业本身并非企业所得税的纳税主体，其经营所得被视为投资人的个人所得，依法缴纳个人所得税。
在税种认定上，个人独资企业主要涉及个人所得税（经营所得）、增值税及其附加税费。增值税的缴纳与企业类型和经营范围直接相关。若企业年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准，或虽未超标但会计核算健全、能够提供准确税务资料并申请成为一般纳税人的，应按照一般计税方法缴纳增值税，适用税率依业务类型而定，通常为13%、9%或6%。若为小规模纳税人，则多适用简易计税方法，征收率一般为3%（特定情形下可能享受优惠税率）。还需以实际缴纳的增值税额为计税依据，计算缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。
核心税负在于个人所得税。个人独资企业的经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。投资人需据此适用《个人所得税法》中“经营所得”的5级超额累进税率表（税率为5%至35%）计算应纳税额。税款征收方式主要分为查账征收和核定征收两种。查账征收要求企业设置账簿，财务核算健全，能够根据真实、合法的凭证准确核算收入、成本、费用和利润，并据此进行纳税申报。这是法律倡导的主要征收方式，更能体现税收公平。
核定征收则是在企业会计账簿不健全、资料残缺难以查账，或其他法定情形下，由税务机关依法采用核定其应纳税额的一种方法。核定方式包括定额征收、核定应税所得率征收等。值得注意的是，随着税收法治的完善，核定征收的适用正被严格规范，以防范税收流失和执法风险。投资者需注意，个人独资企业的利润分配环节不再额外征收个人所得税，这与公司制企业“双重征税”的模式有本质区别。
在纳税申报流程上，企业需按规定办理税务登记，按期进行纳税申报。无论当期是否有应税收入，均需履行申报义务。个人所得税（经营所得）通常实行按年计算、分月或分季预缴、年终汇算清缴的申报制度。增值税及附加税费的申报周期则根据税务机关核定的期限（按月或按季）进行。
法律责任方面，个人独资企业投资人需对其企业的税务合规性承担最终责任。若发生偷税、逃税、欠税等违法行为，将面临补缴税款、加收滞纳金及罚款的行政处罚，情节严重的可能追究刑事责任。建立健全内部财务管理制度，妥善保管合同、发票、银行流水等涉税资料，依法依规进行税务申报，是投资人必须履行的法定义务。
个人独资企业的税收缴纳是一个系统性的法律遵从过程，其核心在于将企业利润与投资人个人所得进行税法上的衔接。投资人应准确把握其适用的税种、税率及征收方式，强化合规意识，确保企业健康持续发展。
